A matriz curricular do curso de Mestrado em Energia e Ambiente é composta por componentes curriculares obrigatórios, constituída por disciplinas e atividades, além dos componentes curriculares optativos. Os estudantes devem cumprir 30 créditos, compreendendo 18 créditos obrigatórios (duas disciplinas obrigatórias, Seminários de Pesquisa, Estágio em Docência e Dissertação) e 12 créditos optativos. Também são obrigatórias atividades de Proficiência em Língua Estrangeira e Qualificação, que não contabilizam créditos. Os créditos obrigatórios referentes a disciplinas devem ser integralizados no primeiro ano do curso.

Os componentes curriculares obrigatórios são disciplinas ofertadas na matriz curricular que integralizam conteúdos que compõem o eixo de formação dos alunos, além das atividades necessárias para autorizar a defesa de dissertação do discente.

Os componentes curriculares optativos são disciplinas que o mestrando poderá escolher de modo a atender suas necessidades de aprendizagem, considerando a linha de pesquisa ao qual o estudante está vinculado, bem como, possam contribuir na elaboração do estudo da dissertação.